來自西奈山伊坎醫(yī)學(xué)院的研究人員與美國國立衛(wèi)生研究院臨床蛋白質(zhì)組腫瘤分析聯(lián)盟，德克薩斯大學(xué)醫(yī)學(xué)博士安德森癌癥中心，邁阿密大學(xué)米勒醫(yī)學(xué)院的西爾維斯特綜合癌癥中心等合作，揭示了對癌癥免疫反應(yīng)的詳細了解，標(biāo)志著該領(lǐng)域的重大發(fā)展。研究結(jié)果發(fā)表在2月14日的Cell在線雜志上。

該研究利用了10種不同癌癥的1,000多個腫瘤的數(shù)據(jù)，首次整合了DNA、RNA和蛋白質(zhì)組學(xué)（蛋白質(zhì)研究），揭示了腫瘤中免疫細胞的復(fù)雜相互作用。這些數(shù)據(jù)來自臨床蛋白質(zhì)組腫瘤分析聯(lián)盟（CPTAC），這是美國國家癌癥研究所的一個項目。

每種類型的免疫反應(yīng)都與基因功能的變化有關(guān)，例如基因如何被修飾，它們發(fā)出的信息以及它們產(chǎn)生的蛋白質(zhì)。通過提供癌癥免疫反應(yīng)的全面分子指紋，這項研究有望促進未來免疫治療策略的發(fā)展。

一個關(guān)鍵的發(fā)現(xiàn)是，在通過先進的統(tǒng)計模型確定的七種亞型中，有五種包括來自十種不同類型癌癥的腫瘤，這表明這些腫瘤之間存在共同的免疫反應(yīng)。當(dāng)我們在同一免疫組內(nèi)的各種癌癥中看到共同的免疫反應(yīng)和細胞行為方式的相似模式時，它暗示某些增強免疫系統(tǒng)的治療方法可以很好地用于許多類型的癌癥。

這項研究的一個新方面源于1,000多個腫瘤產(chǎn)生的深度磷酸蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)。這些數(shù)據(jù)使研究人員能夠了解蛋白質(zhì)是如何被修飾的?！巴ㄟ^對1,000多種泛癌腫瘤的磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)分析，科研人員能夠通過計算發(fā)現(xiàn)一系列關(guān)鍵的新型藥物靶點。通過用小分子或其他手段靶向選定的激酶，可能將對免疫療法沒有反應(yīng)的腫瘤轉(zhuǎn)化為具有更好免疫療法反應(yīng)的腫瘤。

作為研究的一部分，應(yīng)用于數(shù)字病理學(xué)圖像的機器學(xué)習(xí)工具也證明了不同類型的免疫反應(yīng)與某些免疫細胞的存在之間的相關(guān)性，從而增強了對腫瘤內(nèi)部和周圍環(huán)境的理解。

接下來，研究人員計劃進一步驗證他們的發(fā)現(xiàn)，并利用正在進行的免疫治療臨床研究的見解。這項工作旨在簡化治療反應(yīng)的生物標(biāo)志物小組的開發(fā)，并確定增強的治療策略。

蛋白組/代謝組實驗

? iTRAQ 定量蛋白質(zhì)組學(xué)

? Label Free 實驗檢測服務(wù)

? LC-MS/MS 蛋白質(zhì)譜鑒定

? DIA 全息掃描定量蛋白質(zhì)
? 廣泛靶向代謝組學(xué)

蛋白/核酸相互作用實驗

? GST pull down

? RNA pull down

? DNA pull down

? Co-IP 免疫共沉淀

? TAP-MS串聯(lián)親和純化

分子細胞生物學(xué)實驗

? 基因調(diào)取/合成 (cDNA克隆)

? 熒光定量PCR (qPCR)

? 載體構(gòu)建實驗服務(wù)

? miRNA靶基因驗證
? 慢病毒包裝

科研產(chǎn)品

? 哺乳動物細胞表達載體

? 人cDNA克隆庫

? 慢病毒表達載體

? 慢病毒干擾載體

抗體工程服務(wù)

? 單克隆抗體測序

? 抗體從頭測序

? 抗體表達服務(wù)

? 重組抗體表達

實驗試劑盒

? RNA pull down 試劑盒

? GST pull down 試劑盒

? COIP 試劑盒

? Flag 試劑盒