質(zhì)譜鑒定主要包括蛋白酶解、質(zhì)譜數(shù)據(jù)獲取、對庫檢索三個步驟。針對每一個蛋白點的鑒定，一般會提供三種數(shù)據(jù)。

具體包括：質(zhì)譜圖（PDF格式，包括1張一級質(zhì)譜圖和5-10張二級質(zhì)譜圖）、質(zhì)譜峰列表（text格式，主要是一些質(zhì)譜碎片的信息）、檢索結(jié)果（自己建庫進(jìn)行本地化檢索的一般提供的PDF格式或者excel格式，如果是Mascot在線檢索的一般提供網(wǎng)頁格式）。