IP-MS是研究蛋白互作、揭示蛋白作用機理的關(guān)鍵方法?；贚C-MS的蛋白鑒定，可實現(xiàn)目標蛋白、蛋白混合物及互作蛋白的精準鑒定。

輝駿生物推出IP-MS蛋白互作組學(xué)解決方案，核心優(yōu)勢如下： 

1.  三步質(zhì)檢：通過input-WB、IP-WB、IP-MS多維度驗證，確保誘餌蛋白檢出，提升陽性互作蛋白篩選成功率，縮短試錯周期；

2.  未知互作篩選：IP技術(shù)捕獲“目標蛋白-結(jié)合蛋白”復(fù)合物，結(jié)合質(zhì)譜分析快速鎖定未知互作蛋白； 

3.  修飾位點鑒定：精準定位目標蛋白修飾肽段及位點，為蛋白修飾機制研究提供可靠數(shù)據(jù)。

IP-MS蛋白互作組學(xué)技術(shù)原理

通過親和純化（如免疫沉淀）富集目的蛋白及其互作蛋白，與對照組平行開展質(zhì)譜檢測。蛋白質(zhì)酶解為肽段后離子化，經(jīng)質(zhì)譜儀檢測獲得一級（肽段質(zhì)荷比）和二級（碎片離子質(zhì)荷比）質(zhì)譜數(shù)據(jù)；檢索蛋白數(shù)據(jù)庫解析數(shù)據(jù)，得到蛋白定性定量結(jié)果?？鄢龑φ战M數(shù)據(jù)后，剩余差異蛋白即為目標結(jié)合蛋白。

圖 IP-MS原理圖

實驗思路

1. IP-MS實驗組與對照組設(shè)計 

對照組設(shè)置是實驗關(guān)鍵環(huán)節(jié)，核心原則為控制變量。IP-MS實驗中，實驗組與對照組的質(zhì)譜檢測環(huán)節(jié)一致，差異僅存在于IP環(huán)節(jié)。 常用對照組設(shè)計方案有2種： 

方案一：IP和質(zhì)譜檢測效果最優(yōu)，為IP-MS實驗最常用方案。 

方案二：適用于需規(guī)避細胞體系刺激、鑒定生理狀態(tài)下高生物學(xué)意義蛋白互作的場景，針對細胞內(nèi)源性蛋白開展IP與檢測。

此外，若同時鑒定2個及以上無關(guān)聯(lián)蛋白的互作蛋白，各組可互為對照。

2、Co-IP MS實驗

1. 檢測樣本誘餌蛋白表達，確?？杀豢贵w識別

2. 誘餌蛋白抗體/標簽抗體磁珠行Co-IP，收集洗脫產(chǎn)物

3. WB檢測洗脫液誘餌蛋白，驗證Co-IP成功

4. LC-MS/MS檢測洗脫液蛋白成分

方案一：誘餌蛋白帶標簽，用標簽抗體磁珠做IP（注意：Input為Co-IP前的樣本總蛋白）

方案二：用誘餌蛋白抗體做IP

IP-MS實驗流程

客戶下單→訂單/材料確認→樣本裂解→Input-WB（誘餌蛋白）→免疫共沉淀→IP-WB（誘餌蛋白）→質(zhì)譜檢測（驗證誘餌蛋白）→數(shù)據(jù)分析（篩獨有蛋白）→生信分析→結(jié)果交付

圖 IP-MS檢測流程圖

實驗結(jié)果

1、Co-IP/Western-blot結(jié)果

2、Co-IP/SDS-PAGE結(jié)果

銀染膠圖顯示，實驗組IP洗脫液存在清晰蛋白條帶且與對照組有差異，遂對兩組洗脫液行質(zhì)譜檢測以鑒定蛋白組成。

輝駿生物IP-MS實驗客戶案例

2024 年 9 月，中山大學(xué)腫瘤防治中心元云飛、李斌奎團隊聯(lián)合美國 MD Anderson 癌癥中心 Dr.Guocan Wang，在《自然通訊》發(fā)表研究論文，證實靶向 PRMT3 可抑制 HSP60 甲基化及多聚化，激活 cGAS/STING 通路以促進抗腫瘤免疫。

作者通過 IP-MS（PRMT3 互作及 HSP60 精氨酸甲基化質(zhì)譜分析，圖 A，輝駿生物提供技術(shù)）發(fā)現(xiàn)，線粒體伴侶蛋白 HSP60（HSPD1 編碼）在 PRMT3 沉淀蛋白中居首位。后續(xù)利用 Hepa1-6 細胞開展內(nèi)源免疫共沉淀實驗，證實 HSP60 與 PRMT3 存在內(nèi)源互作（圖 B）

圖 IP-MS進行PRMT3相互作用和HSP60精氨酸甲基化的質(zhì)譜分析圖

IP-MS技術(shù)服務(wù)送樣要求 

1. IP-MS整體技術(shù)服務(wù)：需至少2組樣本（實驗組+對照組）；需提供誘餌蛋白IP級別抗體（常規(guī)標簽抗體無需提供）。 

2. IP樣本質(zhì)譜檢測服務(wù)：接收IP富集后變性/非變性洗脫的蛋白產(chǎn)物，溶液或膠條形式均可。 

> 注意：樣本建議送樣量及詳細要求，詳詢輝駿生物技術(shù)支持。

交付結(jié)果

以高分辨液質(zhì)聯(lián)用系統(tǒng)進行檢測→基于質(zhì)譜檢測數(shù)據(jù)出具檢測和分析報告，報告內(nèi)容包括：

• IP-MS實驗效果和數(shù)據(jù)質(zhì)量評估結(jié)果；

• 高可信度互作蛋白列表；
  

• 關(guān)鍵互作蛋白的GO注釋和富集分析;
  

• 關(guān)鍵互作蛋白的KEGG Pathway注釋和富集分析；

• String互作網(wǎng)絡(luò)分析；

• 蛋白互作數(shù)據(jù)庫挖掘。

輝駿生物IP-MS實驗服務(wù)優(yōu)勢

三步質(zhì)檢確保IP數(shù)據(jù)可靠

1. IP-MS實驗最主要的失敗原因是前期的IP實驗效果不理想，導(dǎo)致互作蛋白鑒定過多或過少、后續(xù)無法成功驗證。

2. 我們推出在IP實驗過程中“三步質(zhì)檢評估IP實驗效果”，即：Input-WB、IP-WB、IP-MS都確保檢測到誘餌蛋白，提高IP-MS篩選陽性互作蛋白的成功率，縮短試錯周期。

數(shù)據(jù)可驗證性高

在更大量的數(shù)據(jù)中以定性或者定量方式、高篩選標準尋找互作蛋白，使結(jié)果可驗證性超過50%。

服務(wù)內(nèi)容全面

提供實驗設(shè)計、樣品制備、質(zhì)量控制、質(zhì)譜處理、生物信息學(xué)和統(tǒng)計分析等全套服務(wù)內(nèi)容。

結(jié)果更精準豐富

圍繞研究目的設(shè)置分析方法，使分析結(jié)果更符合研究需求，包含更多特色內(nèi)容。

互作程度比較

實驗組的鑒定蛋白數(shù)據(jù)扣除對照組數(shù)據(jù)之后，剩下的差異蛋白為目標結(jié)合蛋白，更準確有效地分析不同條件下蛋白相互作用的變化。

輝駿生物實驗外包服務(wù)商，10年專注科研實驗，專業(yè)提供全方位蛋白質(zhì)組學(xué)、蛋白/核酸互作、代謝組學(xué)、分子/細胞生物學(xué)、lncRNA專題實驗等科研服務(wù)。輝駿自有蛋白質(zhì)組學(xué)平臺，對蛋白的質(zhì)譜鑒定有十足的把控能力，對后續(xù)的生物信息分析有獨到的見解。

目前，我們已為上千位客戶在Nature、Oncogene、Cell Research等高水平期刊成功發(fā)表IF>10的高分文獻（點擊查看客戶文獻），歡迎各位咨詢IP-MS蛋白質(zhì)譜鑒定，實驗電話：4006991663